Modèles de cancers viraux et génomique à cellule unique pour étudier l’évolution tumorale : traçage rétrospectif d’un nouveau catalogue d’altérations somatiques spécifiques des tumeurs dans la cellule ancestrale tumorale rare.
Promoteur :
- Pr Anne Van den Broeke, BCRL, Laboratory of Viral Oncogenesis, Institut Jules Bordet
Descriptif :
Etudier l’évolution tumorale se heurte à un problème majeur, la difficulté d’identifier et d’isoler le clone ancestral, celui qui est à l’origine du cancer qui se développe des années plus tard. Dans le cas des rétrovirus oncogènes, le virus intégré dans le génome tumoral y crée une empreinte unique, et grâce à elle son précurseur peut être retracé. Les leucémies induites par Human T-cell leukemia virus-1 (HTLV-1) et Bovine leukemia virus (BLV) dans le modèle animal correspondant, constituent de bons modèles pour étudier ces phénomènes.
Nous proposons d’identifier les altérations génomiques impliquées dans la progression maligne des cellules infectées par ces virus, d’en établir le moment et l’ordre d’acquisition au cours de la phase d’infection asymptomatique, et surtout d’identifier les événements clefs responsables du déclenchement abrupte de la phase agressive.
Nous tracerons de façon rétrospective le clone qui a donné naissance à la tumeur par son ciblage à des temps précoces de la maladie dans le modèle animal ovin, bien avant l’apparition de la leucémie. Nous avons développé et validé une approche de triple sélection et établi par séquençage un nouveau catalogue d’altérations somatiques caractérisant les tumeurs agressives, y compris des sites enrichis en mutations et des aneuploidies récurrentes inattendues.
Il est donc possible à présent d’interroger par séquençage en cellule unique la cellule ancestrale identifiée quant à la présence de ces variants découverts dans la tumeur. Nous espérons ainsi identifier la nature des événements qui conduisent à une croissance anarchique, y compris les événements clefs responsables du déclenchement foudroyant de la maladie agressive et fatale.